蔡牵之乱，因为各种原因，在上个世纪被视为“渔民起义”“农民起义”，被视为正义的反清斗争。80年代以来，人们意识到蔡牵之乱的目标并非是为了反清，而是劫掠，因此将之定性为海盗。由于蔡牵之乱涉及到了福建以及台湾地区，对清朝东南沿海产生了较多的影，而平定蔡牵之乱对维护沿海治安和国家主权的完整也具有一定的作用。
一，东南海盗大作蔡牵，生于福建同安县的一个小渔村，自幼父母双亡，从小“佣工自食”。可见，贫穷、无亲戚之挂是他走上海盗生涯的一个原因。当时，清朝已经进入了中期，社会矛盾尖锐了起来。东南沿海的福建、浙江、广东三省，人多地少，尤其是福建“负山抱海，地狭人稠。延建邵汀四府地据上游，山多田少；福兴漳泉五府地当海滨，土民贫，漳泉尤甚”。
福建地狭人稠，仅靠农业是难以生存的，于是大量的人民从事对外贸易和渔业。然而，清朝在乾隆后期推行了“闭关锁国”，只允许在广州“一口通商”，这就限制了福建的外贸发展。如此政策当然抑制了福建的工商业发展，加剧了贫困现象。
清朝中期，吏治败坏。乾隆年间的福建被查出了多件贪污案，至少有五件大案涉及到了总督、巡抚级别的官员。1795年，查出了轰动全国的福建贪污案，“自督、抚、司、道，以及各府、州、县，通同一气，分肥饱橐，玩法营私，以致通省仓库、钱粮，亏空累累”。福建吏治败坏，贪污成风，导致“官与民不相亲，民与官不相信”“官视民如寇仇，民亦视官如豺虎。”
天灾又激化了社会矛盾。乾嘉年间，福建几乎是连年灾荒。清朝前期建立了非常完善的赈灾体系，但是福建官员如此贪污腐败，如何能够有效赈灾呢？在大面积的天灾发生后，失业贫民“无不出洋为匪”。
时间
天灾情况（福建同安县）
1787年
岁旱，大歉
1788年
大疫，米腾贵
1790年
六月大水
1792年
禾苗变葱，不能结实，岁歉
1793年
禾苗复变葱
1794年
八月，大水坏田庐
1795年
三月、四月米腾贵，五月每斗价八百文，民多流殍
1799年
发生百年一遇的水灾，“坏庐舍、漂人畜无数，桥梁多圯”
蔡牵集团中的大部分人都是由这些贫困组成。根据清廷档案留下的口供，得出蔡牵集团中的大部分人都是破产渔户、盐户、水手、船工、农民以及流民、天地会成员等，其中渔民为主。在分析的33人中，有20人为福建人，13人为广东人。
当时的海盗集团很多，所谓“嘉庆初年，东南海上多盗”，福建有凤尾帮、水澳帮、蔡牵帮；浙江有笤黄帮，广东有朱濆帮。香港电影《张保仔》就讲了海盗郑一、张保仔、郑一嫂等海盗头目的故事。后来这支海盗集团接受了清朝的招安，不过还有很多海盗集团却将劫掠进行到底了。
海盗兴起的另外一个原因是岭南地区天地会等秘密组织流传广泛。天地会，又称为三合会、洪门，在下层百姓中广泛传播，最初就是为了“自卫和互助”，后来演变成为了反社会组织。他们经常拦路抢劫，甚至聚众斗殴。这些海盗，许都是天地会的成员。
二，闽海大战，李长庚打得海盗转移台湾越南局势也在影响东南沿海，当时越南内战，许多亡命之徒流亡海上，成为海盗，频繁抢掠中国海域，广东凤尾、水澳两帮都依附于越南海盗。1794年，铜山参将李长庚带领水师在南澎列岛击退了越南海盗，1798年又在浙江一带击退越南海盗。1799年，李长庚又在温州击退了越南海盗。
1800年六月，越南海盗集团和风尾、水澳等帮带领100多艘船进攻台州，李长庚奉命带领三镇水师迎敌，双方在海门对峙。不料台风突然大作，海盗船只大量倾覆，清廷趁机搜捕，导致越南、风尾、水澳等海盗集团大部分被消灭。李长庚因为此事被提升为了福建水师提督。
而蔡牵因各种原因没有参会，躲过一劫。此后，蔡牵不断网罗两帮余党，势力大增，成为了闽海最大的海盗集团。蔡牵集团分为了六个分帮，包括蔡牵妻率领的女子舰队。1802年，蔡牵帮船队袭击了厦门福建清军的炮台，劫走了汛炮。当时清军水师久疏战阵，船只又小，无法和海盗交战。于是嘉庆帝下令各省官员捐钱，制造了100多艘新型战船。浙江巡抚阮元带领官员和商人捐献10万多两给李长庚建造大船，并铸造了400多门大炮。
清军加强了水师建设后，海盗则无机可趁。1803年，蔡牵海盗战船偷袭浙江定海，浙江水师提督李长庚带领舰队发动突然袭击，蔡牵败走，李长庚穷追不舍，直到蔡牵弹尽粮绝，才选择了投降闽浙总督玉德。
然而，蔡牵并非是真心投降，他在修好船只，准备好弹药、粮食后，又出海为盗。蔡牵见识了浙江水师霆船的厉害，于是花重金请福建商人制造更大的霆船。此后，他又到台湾岛抢劫了大批的大米到广东海面接济朱濆部。
朱濆也是一位海盗，他年少时跟随父亲从事造船业。1772年，他开始出海贸易、运输，后来被推举为当地的船运帮主，其帮会人数多达3000人。朱濆的船队经常在海上劫掠，他们还以假借保护渔民为理由，大肆勒索渔民。他们在沿海开设店铺来分销赃物，并纠人入伙，制造火药等。
1804年，两大海盗联合起来，以80艘战船进攻福建，福建水师不敢出战。恰好温州水师24艘大船到福建运输木材，于是海盗火攻温州水师，温州总兵胡振声仓促应战，结果全军覆没。此战让清廷震动，随后嘉庆帝下令严惩福建水师将领，并让提督李长庚统领闽浙两省水师。
清代福建省
当年八月，蔡牵和朱濆又联合进攻浙江，李长庚带领浙江水师在定海迎战，结果蔡、朱失利。此后，蔡牵指责朱濆配合不力，朱濆大感不满，带领自己的船队离去，于是两人的合作就中止了。此后，李长庚带领闽浙水师对蔡牵进行接二连三的进攻，蔡牵遭到了惨重的损失，决定转战台湾。
三，东南沿海平定1806正月，蔡牵集合100多艘船只登陆台湾淡水，并自号“镇海王”，建元“光明”。台湾可是帮会的大本营。清初，大量的移民进入台湾，但是他们大多数都是游手好闲之辈，打架斗殴经常发生，七八年一小斗，十余年一大斗，斗殴时，帮派人员相互仇杀，社会治安一片混乱。因此天地会能够在台湾广泛传播。清朝前期，台湾的天地会乱象频繁发生，最著名的就是林爽文之乱。
蔡牵这些海盗集团和大陆和台湾的帮会都有联系，他们是相互勾结，里应外合。在台湾帮会的支持下，蔡牵的部队很快发展到了2万人，攻克了凤山等县，随后围攻台湾府城和嘉义城。为了防止清朝援军登陆台湾，蔡牵将六艘大船凿沉在鹿耳门，此地是登陆台南必经之地，当年郑成功复台就是从这里登陆的。
面对蔡牵的围攻，台湾镇总兵爱新泰，嘉义知府马夔升都选择了死守。随后李长庚率水师援台，蔡牵兵力不得不分散。最终，蔡牵不得不撤出台湾。嘉庆帝对将领们的战果不满，以阿林保取代玉德为闽浙总督，连屡次得胜的李长庚也坐罪。
而蔡牵退出台湾后，返回闽海，迅速休整船只，补充粮食弹药。当时，许多沿海百姓为了一己之私，竟然和蔡牵交易，而许多官员、士兵竟然也暗中和蔡牵接济，使得蔡牵很快就恢复了元气。
嘉庆帝得知，那是一个大怒，立即要求在海口加强巡逻，力图断绝蔡牵一切弹药、粮食的补给。又同意李长庚的请求，建造大同安棱船60艘，让水师在武装上占据绝对优势。为了防止朱濆再次入闽联合蔡牵，嘉庆帝下令广东官员注意动向。然而广东巡抚那彦成竟然用钱来招抚朱濆，让民间产生了“为民不如为盗”的传言，嘉庆帝便将那彦成革职，调吴熊光补任。当时闽浙总督排挤李长庚，也遭到了嘉庆帝的警告。
1807年，李长庚带领浙江水师在大星屿大战蔡牵集团，蔡牵失败。之后，李长庚又在浮鹰山击败蔡牵。当年十二月，李长庚和福建水师提的张见陞追击蔡牵，李长庚身先士卒，率先接战，并登船搏杀。然而不幸的是李长庚刚好被蔡牵船的大炮击中，不久伤重而死。张见陞见状，竟然带领福建水师撤出战斗，使得蔡牵绝处逢生。
1808年，蔡牵又联合朱渍北上，结果被浙江巡抚阮元击败，随后又各自为战。不久，朱渍在长山尾被金门镇总兵许松年击伤而死，其余部由其弟朱渥率领。嘉庆为了彻底解决海盗问题，大规模调整了广东、福建、浙江的官员和将领，严厉打击“通海”行为，使得海盗再也无法得到补给。第二年，大量的海盗投降于清朝，包括朱渥、郑一嫂也在这年接受“招安”。
随后，蔡牵成为了清朝对付的唯一目标。当年八月，闽浙两省水师与蔡牵血战浙江定海渔山，经过两天一夜的战斗，蔡牵船只基本覆没。最终，蔡牵自燃余炮，选择了自杀。
平定蔡牵之乱后，东南沿海的海盗势力被基本平定，此后就算有海盗，那也只是零星的，不成规模的。蔡牵之乱后，清朝吸收了一定的教训，加强了对沿海的管理，重视对台湾地区城堡的修建，一定程度上加强了海防。但是清朝的海防依然是消极的“以禁为防”，重点不是打造外海水师，使得清朝海防状态处于被动状态。当时，西方殖民者也在威胁东南沿海，嘉庆帝的措施只能是颁布《民夷交易章程》，采取“以禁为防”的措施，导致中外贸易进一步遭到限制。另外，海盗集团的兴起也反映了清朝的统治出现了极大的问题，这个偌大的帝国，正在走向衰落的深渊。
