柯韵伯喻小柴胡汤为“少阳枢机之剂，和解表里”之总方。《伤寒论》第98条云：“伤寒五六日，中风，往来寒热，胸胁苦满，默默不欲饮食，心烦喜呕，或胸中烦而不呕，或渴，或腹中痛，或胁下痞硬，或心下悸，小便不利，或不渴，身有微热，或咳者，与小柴胡汤主之”。少阳为枢，为一身之交通要地，和则不争，和则顺达。小柴胡汤扶正又驱邪，解郁调气而利升降之枢，从而达到运转表里、斡旋升降、布达气血、阴阳自调之功。
《伤寒论》第101条曰：“伤寒中风，有柴胡证，但见一证便是，不必悉具。凡柴胡汤病证而下之者，若柴胡证不罢者，复与柴胡汤，必蒸蒸而振，却复发热汗出而解”。本条柴胡汤证误用下法，正气受挫，复用柴胡汤，可蒸蒸而振，战汗而解，这反映的是正邪交争，正胜邪退，这正是小柴胡汤的枢转作用的体现，故小柴胡汤能治少阳病，但又不局限于少阳病。正如冉雪峰先生指出的：“太阳有柴胡证、柴胡方，阳明亦有柴胡证、柴胡方”。小柴胡汤在太阳篇出现11次，阳明篇出现3次。外感热病、内伤杂病，尤其肝胆有关疾病，甚至神经系统疾病，皆可见柴胡证。在临床中各种不同情况的寒热往来及原因不明的周期性发热、妇人经期感冒发热，咳嗽、消化系统疾患如肝炎、胆结石、胁痛、心下痞、腹胀、呕吐、眩晕、头痛、鼻炎等病症，只要见到小柴胡汤证主症一二常常依法施用。
《伤寒论》第5条云：“伤寒二三日，阳明少阳证不见，为不传也”。结合第4条若“颇欲吐”则可为传少阳，此处“颇欲吐”即为少阳主症之一。在灵活运用小柴胡汤的同时，在小柴胡汤时要严格掌握其适应证。
《伤寒论》第189条“阳明中风，口苦，咽干……”中也有口苦、咽干，但如用小柴胡汤则药不对证。临床中除经方记载的小柴胡汤主治功用外，临床中还常用多方与柴胡汤合用。如小柴胡汤合二陈汤治感受风寒、咳喘痰多之证，亦可加干姜、细辛、五味子温化水饮。小柴胡汤合升降散治疗外感有柴胡汤证而兼有咽痛者。小柴胡汤合平胃散治疗凡外有表寒、内有脾湿、腹泻便溏者。小柴胡汤合左金丸对肝胃不和、郁而化火、嘈杂泛酸者用之。伤寒有呕而发热者小柴胡汤主之。小柴胡汤合三仁汤治疗少阳证兼湿热郁闭三焦之发热。小柴胡汤合小陷胸汤方治疗胆胃气机不利、痰热交阻。小柴胡汤合茵陈、郁金、金钱草治疗湿热蕴结肝胆所致胆结石、胆囊炎等疾病。《伤寒论》有经水适来与经水适断用小柴胡汤，也有妇女经期感冒用小柴胡汤调治有效，可加当归、川芎、白芍、益母草等。小柴胡汤合越鞠丸：小柴胡汤功用和解少阳，主治少阳证、往来寒热、胸胁苦满、默默不欲饮食、心烦喜呕、口苦、咽干、目眩、妇人热入血室及疟疾等证。越鞠丸出自《丹溪心法》，主要药物为苍术、香附、川芎、神曲、炒栀子，治疗气、血、痰、火、食所致之郁结、消化不良、胸脘痛闷等证。小柴胡汤善治两胁苦满，能疏理肝胆脾胃之郁；越鞠丸畅气舒胃，善治胸脘痛闷，而畅通上下。两方合用可疏肝和胃，解郁开结，畅行三焦滞结。临床用于治疗郁证、胃病疗效极佳。小柴胡汤加鳖甲、龟板、穿山甲、牡蛎、白芍、甘草等治疗肝脾肿大、两胁痞坚、络脉瘀阻、气血瘀滞等证。一者理气郁而畅肝气，一者行血瘀而消癥瘕，合用则兼调气血，对肝脾肿大有明显疗效。临床用于治疗肝硬化具有软坚之功。小柴胡汤合温胆汤：温胆汤清胆和胃，除痰止呕，治痰热扰动之心烦不寐、胸满、口苦、惊悸等证。两方合用，既能疏解气郁，又能清热化痰，对表里不和、肝胆不和、胆胃湿热、痰热互结等疾病皆可用之。临床治疗气郁痰火所致的失眠、焦虑、精神病等均有较好疗效。小柴胡汤合镇肝息风汤治疗郁怒化火、少阳枢机不利之眩晕、头痛。
